Mnoho členů katolického tělocvičného svazu Orel se po okupaci zapojilo do odboje podobně jako u České obce sokolské.

V květnu 1941 byl gestapem zatčen náčelník Orla MUDr. Vojtěch Jílek, který byl po vyhlášení stanného práva odsouzen k trestu smrti (podle rozsudku „byl na vůdčím místě velezrádné skupiny odporu“) a 30. září 1941 v Kounicových kolejích zastřelen. Dne 30. listopadu 1941 byla zastavena činnost moravské zemské organizace Orla se sídlem v Brně a mnoho představitelů Orla bylo pozatýkáno.

Orlové spolupracovali se Sokoly při přípravě atentátu na Heydricha. Členy Orla byli čtyři parašutisté, kteří zemřeli v kostele sv. Cyrila a Metoděje - Jan Kubiš (Anthropoid), Josef Gabčík (Anthropoid), Josef Valčík (Silver A) a Josef Bublík (Bioscop).

Dne 30. září 1942 bylo úředně oznámeno, že nařízením říšského protektora z 23. září 1942 byl Tělocvičný svaz Orel rozpuštěn a jeho majetek zabaven.

Během války bylo popraveno, v koncentračních táborech zahynulo a v boji padlo celkem 418 členů Orla.

ČTK. Praha, 30. září 1942.

Říšský protektor v Čechách a na Moravě rozpustil nařízením z 23. září 1942 "Tělocvičný svaz Orel" a vyřkl zabavení majetku této organisace. K tomu se dovídáme z příslušného místa toto:

Činnost jednotlivých vedoucích činitelů "Tělocvičného svazu Orla" v Brně, kteří se pokoušeli v "Orle" vybudovat vlastní skupinu odporu, vynutila si již v listopadu 1941 zastavení činnosti moravské zemské skupiny "Tělocvičného svazu Orla". Od přísnějšího opatření bylo upuštěno v domněnce, že vedoucí a členové "Orla" správně pochopí toto rozhodnutí a že sami budou pečovati o vymýcení živlů nepřátelských Říši.

Při vyšetřování atentátu na Obergruppenführera Heydricha vyšlo pátráním najevo, že další kruhy "Orla" pokračovaly nicméně ve své činnosti Říši nepřátelské. V neposlední řadě to byli duchovní vedoucí a správcové "Orla" - příslušníci katolického kleru - kteří v této věci hrubě porušili své povinnosti. Další trvání tohoto spolku muselo být proto zastaveno jako škodlivé zájmům Říše.