Česká obec sokolská (ČOS) existovala dále i po vzniku Protektorátu Čechy a Morava v březnu 1939. Mnoho jejích členů se zapojilo do odboje a vznikala paralelní ilegální struktura Obec sokolská v odboji (OSVO).

Dne 12. dubna 1941 byla činnost ČOS rozhodnutím říšského protektora Neuratha zastavena, organizace mohla dále pouze spravovat svůj nemovitý majetek. 3. července 1941 byl zatčen náčelník ČOS Augustin Pechlát (po vyhlášení stanného práva 30. září 1941 zastřelen v ruzyňské jízdárně).

Hlavní úder proti členům Sokola zapojeným do odboje přišel po příchodu Reinharda Heydricha do protektorátu v září 1941. V noci ze 7. na 8. října 1941 proběhla tzv. Aktion Sokol - hromadné zatýkání členů ČOS. Celkem bylo zatčeno asi 1500 sokolů, z nich 49 členů výboru ČOS, 19 členů předsednictva, 17 členů náčelnictva mužů, 9 členů předsednictva vzdělávacího sboru a 216 župních činovníků. Odesláni byli do Malé pevnosti v Terezíně a následně do koncentračního tábora v Osvětimi. Dne 11. října 1941 nechal Heydrich Českou obec sokolskou úředně rozpustit a její majetek byl zabaven ve prospěch nacistické tělovýchovné organizace NSRL.

V přípravě atentátu na Reinharda Heydricha a podpoře čs. parašutistů měla sokolská odbojová organizace zásadní roli.

Celkem bylo během války podle neúplných údajů zatčeno nejméně 11611 sokolů, 3388 z nich bylo popraveno nebo zahynulo v koncentračních táborech, 654 sokolů padlo v květnovém povstání v roce 1945.