Dne 25. března 1942 byl vypraven první transport Židů ze Slovenska. Nacisté měli původně zájem odvážet do koncentračních táborů pouze práceschopné muže, slovenská ľuďácká vláda, která se chtěla zbavit všech Židů, však argumentovala tím, že rozdělovat rodiny je „nekřesťanské“ a nakonec se s Němci dohodla, že za každého deportovaného Žida, bez rozdílu věku a pohlaví, zaplatí německé vládě 500 marek plus náklady na přepravu.

Transporty byly pozastaveny v říjnu 1942, především na nátlak Vatikánu, který měl již vážné pochybnosti o osudu Židů v koncentračním táboře Osvětim, kam byla většina slovenských Židů odvážena.

Nové deportace Židů byly zahájeny až v září 1944, po okupaci Slovenska německými vojsky.